به طور کلی موارد استفاده از پراکسیدین در گلخانه ها به شرح زیر می باشد:

• ضدعفونی فضای گلخانه ها بصورت مه پاشی گرم و سرد
• ضدعفونی سطح، کف زمین، دیوارها و سقف بصورت مه پاشی سرد یا گرم
• ضدعفونی مخازن آب، لوله های انتقال و تجهیزات مرتبط با تولید و انتقال آب
• ضدعفونی آب آبیاری
• ضدعفونی ابزار، لوازم و تجهیزات کشاورزی به عنوان مثال ضد عفونی موثر گلدان های کاشت درگلخانه ها بدون نیاز به عملیات پرزحمت و پرهزینه تهیه آب جوش و جوشاندن آنها
• ضدعفونی بستر کاشت مثل کوکوپیت و پرلیت مصرف شده برای دو یا چند بار دیگر
• ضدعفونی بذرها
• ترغیب به جوانه زنی سریع تر و قوی تر بذرها
• ضد عفونی ریشه نشاء ها قبل از کاشت
• ضد عفونی نشاء در حین پرورش به صورت محلول پاشی بر روی برگ
• ضدعفونی بوته ها و میوه ها در حین پرورش و در حین برداشت به دلیل نداشتن دوره کارنس و کاملا بهداشتی علیه سفیدک دورغی و حقیقی و بسیاری قارچهای دیگر
• ضد عفونی خاک علیه انواع نماتد
• افزایش اکسیژن محلول درآب آبیاری
• افزایش اکسیژن مخلوط در خاک