وجود کلر در آب آبیاری گیاهان آپارتمانی سبب آسیب دیدگی ریشه شده و می تواند باکتری های مفید و سایر میکروارگانیسم های خاک را در محدوده ی ریشه گیاه آپارتمانی شما را از بین ببرد.همچنین وجود کلر سبب مسمومیت بخشی از گیاهان آپارتمانی شده که نسبت به وجود کلر در آب، نسبت به سایر گیاهان آپارتمانی دیگر بیشتر حساسیت دارند.
وجود کلر در آب باعث قهوه ای شدن برگ گیاهان آپارتمانی شده که در نهایت این امر، برگ ها دچار ریزش خواهند شد بنابراین آب مناسب برای گیاهان آبیست که حاوی کلر نباشد.
برای از بین بردن کلر در آب می توان پیش از آبیاری آب را به مدت 12 الی 24 ساعت در فضای آزاد (بدون پوشش) قرار داده تا کلر آن آزاد شود.
مقدار کم فلوراید در آب نیز می تواند فتوسنتز و تنفس گیاه را مختل نماید و از طرفی با تجمع در بافت های رویشی گیاه، باعث سمیت و نکروزه شدن گیاه آپارتمانی شما شود و از سویی دیگر وجود فلوراید در آب از تاثیر گیاهان اکسیژن ساز آپارتمانی و یا گیاهان آپارتمانی تصفیه کننده هوا برای فیلتر کردن هوای خانه می کاهد.
میزان فلوراید به طور قابل توجهی در منابع آب های لوله کشی متفاوت است و حتی برخی از کشورهای غربی به دلیل مزایای آن برای سلامت دندان ها، به آب شیرآلات خانگی فلوراید اضافه می کنند.