دانه های این میوه سرشار از مواد مغذی از جمله اسیدهای چرب، پروتئین های لازم و مواد معدنی فراوان است. این دانه ها غنی از اسیدهای آمینه مانند تیامین، نیاسین، فولات و مواد معدنی مانند منیزیم، پتاسیم، منگنز، آهن، روی، فسفر و مس است.

بدن به اسیدهای آمینه نیاز دارد اما اسید آمینه ای مانند آرژنین و لایسین که بدن نمی تواند به طور طبیعی آن را تولید کند، باید از منابع غذایی تأمین شود. دانه های هندوانه حاوی برخی از این اسیدهای آمینه است مانند تریپتوفان و گلوتامیک اسید.

لیسین در جذب کلسیم برای تولید کلاژن و بافت های پیوندی به بدن کمک می کند در حالی که آرژنین سوخت و ساز بدن و سیستم قلبی عروقی را بهبود می بخشد.

هر ۱۰۰گرم تخم هندوانه، ۱۳۹درصد نیاز روزانه بدن به منیزیم را تأمین می کند. منیزیم، برای عملکرد طبیعی قلب، حفظ فشار خون و سوخت و ساز بدن حیاتی است.

روغن طبیعی آن رشد مو را بهبود می بخشد، برای سلامت پوست سر مفید است و مانع از شکستگی می شود.

جوشانده یک مشت تخمه هندوانه در یک لیتر آب به مدت ۴۵دقیقه و مصرف روزانه آن مانند چای برای درمان دیابت مفید است.

برای بهبود بیماری ها و تقویت حافظه مفید است.

اسید چرب های اشباع نشده در آن، پوست را مرطوب، نرم و سفت نگه می دارد و از بروز آکنه و اختلالات پوستی دیگر پیشگیری می کند.

آنتی اکسیدان و روغن موجود در آن از علایم پیری پیشگیری می کند.

ماده مغذی موجود در آن، از پوست در برابر سرطان و عفونت محافظت می کند.

تخمه هندوانه تفت داده، حاوی مس است که در تولید رنگدانه مو و پوست موثر است.