اگر بونسای مورد حمله بیماریها قرار گیرد و مراقبت های لازم به دقت اعمال نشود ، میتواند به قسمتهای مختلف بونسای آسیب رسانده و تعادل و حالت عادی آن را از بین ببرد،بیماریها ممکن است از طریق گیاهان دیگر و یا از اطراف ، بونسای را نیز تهدید نماید.این امر غیر قابل اجتناب بوده و از آن گریزی نیست.
قارچ آنتراکتوز
قارچ آنتراکتوز:اين قارچ در محيط گرم و مرطوب حمله می کند و لکه هاي ريز و سياه در برگها ايجاد مي کند که نهايتاً منجر به سقوط آنها می گردد.
قارچ بوتري تيس:در هوای دم کرده و خفه و بدون جريان حمله می کند که نقاط خشک قهوه ای روی برگها ايجاد می شود.نهايتاً منجر به حمله کپک خاکستری می گردد.
پژمردگی
پژمردگی:ممکن است مربوط به گنديدگی و فساد ريشه باشد در غير اينصورت احتمال دارد ويروس ها باعث اين پژمردگی شده باشند.سفيدک ها:
در اوايل بهار حمله سفيدک ها بيشتر است. علامت اين بيماری مانند پاشيدن آرد بر روی برگ است.
چوب پنبه اي شدن
چوب پنبه اي شدن:پشت برگها باد کرده و به شکل چوب پنبه در مي آيد. اين علايم پاسخ گياه به محيط مرطوب يا نور کم است.
برای مبارزه با بیماری های بونسای در درجه ی اول تهویه محیط فراموش نشود ، اگر برگ ها را غبارپاشی می کنید تا بهبود گیاه متوقفش کنید و از سموم کم خطر یا ارگانیک استفاده شود.غلظت مورد استفاده سموم معمولا دو در هزار است، مثلا دو سی سی سم را در یک لیتر آب حل کنید، ولی بهتر است طبق توصیه ی روی جعبه آن عمل کنید.