براي اینکه بونسای شما هميشه به شكل اوليه خود باقي بماند و ظاهري زيبا داشته باشد، بايد آنرا به طور مرتب هرس كنيد. اصولاً در ابتدا كه درختچه را خريداري مي كنيد نيازي به هرس كردن ندارد. اما زمانيكه برگها قدري رشد كردند، بايد برگها و شاخه هايي كه بيش از حد رشد كرده اند را حرص كنيد تا درخت شكل اوليه خود را از دست ندهد.هر سال در بهار هرس ريشه را انجام دهيد.
به آرامی گیاه را به یک طرف ( به جزء بالا ) بکشانید. اگر گلدان دارای لبه به طرف داخل است و لبه اجازه خروج به ریشه ها نمی دهد قبلا لازم است با یک کارد موکت بری تیز ریشه ها را تا کف گلدان قطع کنید. اگر گیاه از خارج شدن مقاومت نمود با میله ای به ملایمت و به گونه ای که ریشه ها صدمه نبیند از سوراخ زهکش به توده ریشه اشاره کنید. پس از خروج ریشه شانه مخصوصی که در اختیار دارید از مرکز به بیرون به ملایمت روی سطح ریشه ها بلغزانید تا خاک ها به آرامی از ریشه ها جدا شوند ، در این کار هرگز عجله نکنید.
عمل جدا سازی خاک از ریشه ها را تا آنجا ادامه دهید که حداقل نصف میزان خاک از ریشه ها جدا شده باشند. در هر چند بار حرکت شانه از داخل به خارج یک بار گیاه را تکان دهید تا خاک های آزاد اطراف ریشه جدا شوند. این عمل را چنان ادامه دهید که قاعده تنه آشکار گردد. در این مرحله ریشه ها همگی آشکار شده اند . شستن ریشه ها و عاری کردن آنها از خاک این شانس را به شما می دهد که حجم ریشه و همچنین ریشه های صدمه دیده و مهمتر از آن نحوه گسترش ریشه ها را بازدید و چگونگی شروع هرس و از کجا و چه مقدار را درک کنید.
هرس ریشه را شروع کنید . قیچی هرس باید مخصوص بونسای و تیز باشد.اول تمام ریشه های ضخیمی که به لبه های گلدان رسیده اند قطع کنید.میزان قطع بر حسب مورد بین یک سوم تا نصف متغییر است .در این بین ضخیم ترین ها بیشتر و نازک ترین ها کمتر قطع گردند.
در مرحله قطع ریشه ها حجم نسبتا زیادی از ریشه های مویین نیز قطع می گردند که جای هیچگونه نگرانی نیست و به زودی از محل هرس تعدا بیشتری ریشه شروع به رشد خواهند کرد میزان حذف : تقریبا در کل جهات ، طول و عرض و ارتفاع گلدان حدود دو سانتی متر قطع می گردند کمی کمتر یا بیشتر آن تابع گیاه و گلدان و سلیقه و تصمیم است.