اگر چه گونه های گیاهی متعلق به آب و هوای معتدل تقریبا مقاوم به سرما هستند اما در حالت کاشت در گلدان ریشه های آنها چنان عمیق نیست که بتواند در برابر سرمای کشنده و یخبندان شدید مقاومت نماید.اندام هوایی آنها نیز ظریف هست و چندان مقاومتی در چنین سرمایی از خود نشان نمی دهد.تعداد زیادی از گونه ها برای مدت کوتاهی می توانند در برابر سرما و یخبندان از خود مقاومت نشان دهند .زیرا در طول روز با گرم شدن هوا جوانه ها فعال می شوند و با وزش باد مقدار زیادی آب از طریق روزنه ها و شیره برگ ها تبخیر می گردد و در این حالت ریشه یخ زده در شب نمی تواند آب از دست رفته برگ ها تامین کند و به همین علت سرمازدگی و خشک شدن گیاه قطعی است .
از طرفی تعدادی از گونه ها مانند گیاهان خانواده گل سرخ (سیب و به ژاپنی) و خانواده مخروطیان(کاج و سرو )برای تضمین رشد در سال آینده احتیاج به سرمای معینی در زمستان دارند .با توجه به جمیع جهات نمی توان گیاه از از طرفی دور از سرما نگه داشت و از طرف دیگر سرمای کشنده صدمات جبران ناپذیری به آنها وارد می کند و در نتیجه محافظت از باد و باران و سرمای کشنده قطعی است .
چنانچه اطاقک پلاستیکی یا گلخانه کوچکی بسازید می توانید بونسای خود را از شر عوامل نامساعد محفوظ نگه دارید .در این صورت بازدید از اطاقک یا گلخانه برای تعیین رطوبت خاک و آبیاری روزانه و همچنین بازکردن درهای آن برای به جریان افتادن هوا الزامی است .اگر هیچگونه امکانات یاد شده در اختیار نداشتید تنها یک راه باقی می ماند که گیاهان خود را در پناه دیوار ،نرده و یا هر حفاظ دیگر قرار دهید.برای جلوگیری از صدمات باد اضلاع شمال غربی باغ ویلا خطر آفرین ترین قسمت های باغ هستند و درجات حرارت اضلاع جنوب شرقی به مراتب بالاتر و خطرات باد کمتر است .
برای جلوگیری از خطر بارندگی شدید می توانید با یک کیسه پلاستیکی روی گیاه بونسای را بپوشانید به جز بونسای نارون سه برگ کنگره ای و نارون چینی که نسبت به عدم وجود جریان هوا حساس هستند .