در سال های اخیر، هیدروپونیک شامل رشد گیاهان در هر محیطی غیر از خاک شده است. اگرچه گیاهانی که به روش هیدروپونیک رشد می کنند نسبت به گیاهانی که در خاک رشد می کنند آفات و بیماری های کمتری دارند، استفاده از آفت کش ها گاهی ضروری است.یکی از آفت های رایج در گلخانه ،مگس های سفید هستند. مگس سفید(Trialeurodes vaporariorum) با مکیدن آب گیاه به گیاهان آسیب می‌رسانند که می‌تواند منجر به زرد شدن برگ‌ها، ریزش برگ یا رشد کوتاه‌قدی گیاه شود. یک بقایای چسبنده یا عسلک توسط مگس های سفید روی برگ ها و میوه ها رسوب می کند. این ترشح چسبنده می تواند کپک بزند و منجر به حمله قارچی شود.

ویروس ها نیز از طریق فعالیت مگس سفید منتشر می شوند. بیش از 1200 گونه مگس سفید وجود دارد، اما کنترل های بیولوژیکی برای گونه های میزبان مگس سفید بسیار خاص است و شناسایی آفت مگس سفید بسیار مهم است. زمانی که مگس سفید مشکل ساز است، استفاده از آفت کش ها توصیه نمی شود. استفاده از آفت کش ها می تواند شکارچیان طبیعی مگس سفید را از بین ببرد و در نتیجه باعث شیوع مگس سفید شود. علاوه بر این، مگس های سفید به سرعت در برابر آفت کش ها مقاومت می کنند.

کنترل بیولوژیکی راه حل توصیه شده برای آلودگی مگس سفید در گیاهان رشد یافته به روش هیدروپونیک است. بال‌های توری، سن های شکارگر big-eyed bugs, minute pirate bugs ، گونه‌های خاصی از کفش دوزک ها - Clitostethus arcutus و Harmonia axyridis - دشمنان طبیعی مگس‌های سفید هستند.در محیط گلخانه ای، رهاسازی یک زنبور انگلی کوچک (Encarsia spp.) می تواند موثر باشد. چرخه زندگی زنبورها کوتاه‌تر از چرخه زندگی مگس‌های سفید است و جمعیت زنبور را قادر می‌سازد تا به سرعت رشد کند و تخم‌های مگس سفید را از طریق انگلی از بین ببرد.

کنه عنکبوتی، شته و تریپس: از یک لنز دستی برای نظارت بر گیاهان رشد یافته به روش هیدروپونیک برای مشاهده ی کنه های عنکبوتی، شته ها و تریپس ها استفاده کنید. شواهدی مبنی بر وجود این حشرات آفات عبارتند از: عطر - فضولات حشرات - پوست ریخته‌شده، تار، سوراخ در برگ‌ها یا تغییر رنگ. هنگامی که آلودگی جزئی است از اقدامات بهداشتی برای حذف برگ های آلوده استفاده کنید. دشمنان طبیعی یا صابون حشره کش می توانند حشرات را از بین ببرند و از گسترش آنها جلوگیری کنند. قارچ Verticillium lecanii، دشمن طبیعی شته ها و تریپس ها و همچنین مگس سفید است. این قارچ میزبان خود را انگلی می کند و می کشد. از آنجایی که به دشمنان طبیعی تریپس آسیبی نمی رساند، می توان از آن در ترکیب با سایر اقدامات کنترل بیولوژیکی استفاده کرد.

از آنجایی که این قارچ به دشمنان طبیعی تریپس آسیبی نمی رساند، می توان از آن در ترکیب با سایر اقدامات کنترل بیولوژیکی استفاده کرد. استفاده از صابون حشره کش یا روغن باغبانی با پایه گیاهی را می توان بر روی گیاهانی که به روش هیدروپونیک رشد می کنند برای کنترل شته ها، تریپس و مگس سفید استفاده کرد. باید مراقب پوشاندن برگ ها از هر دو طرف بود، زیرا حشرات اغلب در سطح زیرین برگ ها یافت می شوند. صابون های حشره کش باید با یک حشره تماس داشته باشند تا موثر باشند، زیرا صابون بدن حشرات را می پوشاند و باعث کم آبی حشرات می شود و آنها را می کشد. روغن ها از طریق خفگی حشرات یا تداخل در متابولیسم بر کنترل حشرات تأثیر می گذارند.