در بیشتر موارد با بیرون آروردن گیاه ازگلدان و خارج کردن خاک قدیمی و هرس ریشه ها دوباره گیاه با خاک جدید به همان گلدان برگردانده می شود اما در بعضی موارد مانند تغییر در میزان رشد و در نتیجه بزرگ تر شدن گیاه و یا تغییر رنگ گیاه و عدم همخوانی با رنگ و یا حتی شکل گلدان و شاید تغییر در تصمیم بونسایی دار باعث می گردد که گلدان نیز تعویض گردد.
یک گلدان استاندارد و خوب بونسایی برای جلوگیری از جمع شدن آب در کف و باتلاقی شدن خاک قاعده آن مسطح و دارای سوراخ های متعدد زهکشی است .داشتن پایه های هر چند کوچک برای بالا ایستادن گلدان و خروج هرچه بهتر آب اضافی و براق نبودن سطح داخلی آن از دیگر مشخصات شکل گلدان است .بهترین شکل گلدان آنهایی هستند که گستردگی و طول آنها از طول و بزرگی گیاه کوچکنر باشند.
گیاهان ظریف و پاکوتاه گلدان های بیضی شکل با گوشه های صاف و یا گلدان های مستطیلی با گوشه های مدور را طالب و تنه های قوی زاویه دار با گلدان های مستطیل شکل هماهنگ هستند.گیاهان گسترده با گلدان هایی هماهنگ هستند که انتهای آنها کمی به طرف خارج متمایل باشد و گیاهان استوانه ای پا بلند با گلدان ساده گرد مکمل یکدیگرند.گیاهانی که یک یا چند شاخه خود را کج و منحرف نموده و مایل هستند آبشار مانند روی گلدان خم شوند گلدان های بلند و دراز استوانه ای و یا مکعب مستطیلی ایستاده را می پسندند.
اصولا نقطه کانونی نظر بیننده خود گیاه بونسایی شما است .رنگ براق و بعضا قشنگ و یا نقش و نگار روی گلدان نباید در درجه اول نظر بیننده را به خود اختصاص دهد و خود گیاه به بوته فراموشی سپرده شود.گیاهان ظریف و شکیل مانند افرای ژاپنی و یا پیچ کلیسین در گلدان های هم طراز خود یعنی لعابدار و براق جذابیت بهتری دارندوسرو خزنده و سرخدار که رنگ پوست تنه انها قرمز قهوه ای خاصی است در گلدان هایی با رنگ قهوه ای سوخته برازنده است .گلدان هایی با برگ های سبز تیره و تنه قاچ قاچی قهوه ای تیره سوزنی برگان مانند کاج ها هماهنگ است که یکی از رنگ های سبز یا قهوه ای را دارا باشند.
برای ایجاد تعادل در بیننده گلدانی را برای گیاهان گلدار غرق در گل انتخاب کنید که با رنگ و تعداد زیاد گل ها هماهنگی داشته باشد و می توانید از گلدان های رنگی براق استفاده کنید.در هر صورت انتخاب گلدان تحت شرایط متفاوت سلیقه و گونه گیاهی و قد و قواره و رنگ و بافت و شکل آنها انتخاب می گردداما یک اصل مهم را فراموش نکنید که جنس و رنگ و شکل گلدان باید مکمل زیبایی گیاه باشد نه اینکه خود به یک نقطه کانونی تبدیل گردد و یا برعکس گلدان چنان از نظر ارزشی پایی نباشد که زیبایی گیاه را زیر سوال ببرد.