از آنجا که خاک‌های ترکیبی ممکن است ناقل بیماری‌ها، آفت‌ها و بذرهای علف هرز باشند، لذا باید قبل از مصرف ضد عفونی شوند. در مواردی که عمل ضد عفونی صورت نگیرد معمولا مشکلات زیادی به وجود آمده و در بعضی مواقع خسارات فراوان به بار می‌آورد.پس از باغبانی مستمر نیز در خاک یک سان برای چندین سال متوالی، واضح است که خاک حاوی گونه‌های مختلف از باکتری‌های بیماری زا، قارچها، ویروس‌ها، حشرات ونماتودها خواهد شد. از این رو، شانس هجوم بیماری در گیاهانی که در خاک یک سان رشد می‌کنند بسیار بالا است. در چنین شرایطی، ضد عفونی کردن خاک مفید است و باعث بهبود کیفیت خاک می‌گردد. هم چنین ضد عفونی کردن تخم علف‌های هرز به کنترل علف‌های هرز کمک می‌کند. به طور کلی، ضد عفونی کردن خاک باعث صرفه جویی در زمان می‌شود و درد سرهای آینده‌ی باغبانان را کاهش می‌دهد.
باغبانی در گل دان با استفاده از خاک سترون یک روش آسان برای حفظ گیاهان سالم است. شما می‌توانید هر دانه یا نهال را به طور مستقیم در گل دان‌های حاوی خاک استریل بکارید یا پیوند بزنید. متأسفانه، مخلوط‌های خاک گل دان که دارای بر چسب استریل هستند معمولاً حاوی تخم حشرات، قارچهای خاکی و تخم علف‌های هرز می‌باشند. بنا بر این، بهتر است خاک را در خانه با استفاده از روش‌های ساده ضد عفونی کنید.
ضد عفونی کردن خاک برای مصارف کم و خانگی بسیارآسان می باشد برای این منظور چند روش توضیح داده می شود که می توانید از آنها استفاده کنید .روش اول : می توانید در منزل فر گاز خود را تا 180 درجه فارنهایت ( 80 درجه سلیسیوس ) گرم کرده و خاک خود را درون کاغذ مخصوص شیرینی پزی بزرگ با یک پوشش از فویل آلومینیومی ریخته داخل فر قرار دهید و در 200 درجه فارنهایت تا مدت 30 دقیقه حرارت دهید و چند بار انرا تکان داده وزیر رو کرده تا حرارت به درستی توزیع شود . این خاک را بهتر است دو ماه در انبار قرار داده تا میکروارگانیسم های مفیدی که بر اثر حرارت از بین رفته اند دوباره افزایش پیدا کنند و بعد مصرف کنیم .ممکن است به دلیل بوی بد ایجاد شده تمایل نداشته باشید این کار را در منزل انجام دهید ،بنابر این شما می توانید خارج از منزل و در فضای باز ، خاک را در در ظرفي مثل قابلمه ريخته و به مدت 20 دقيقه با دمای 80 درجه حرارت دهيد چند بار آن را تکان داده وزير رو کرده تا حرارت به درستی توزیع شود .
روش دوم
روش دوم :مخلوط خاک گل دان را در یک کیسه ی گرم پر کنید. مقداری آب (در حدود یک لیوان) در کیسه بریزید و کاملاً مخلوط کنید تا خاک مرطوب گردد (نه کاملاً خیس یا تر). کیسه را با یک نخ به درستی ببندید و بگذارید روی تابه ته نشین شود. مرحله‌ی بعد ایجاد 2 – 3 سوراخ کوچک در بالای کیسه است. این سوراخ‌ها باعث می‌شوند تا بخار آزادانه خارج شود و به کاهش فشار در داخل کیسه نیز کمک می‌کنند. می‌توانید در یکی از سوراخ‌ها یک دماسنج قرار دهید و آن را درون خاک فرو ببرید.یکی از موارد احتیاطی در مورد ضد عفونی کردن خاک این است که دمای فر یا کباب‌پز نباید به بیش از 180 درجه‌ی فارنهایت برسد. اگر درجه‌ی حرارت بالاتر از حد گفته شده باشد برخی از اجزای خاک به مواد مضر برای گیاهان تبدیل می‌شوند.می‌توانید در دمای 180 درجه به مدت نیم ساعت یا بیشتر به ضد عفونی کردن خاک ادامه دهید. خاک را از روی فر یا کباب پز بردارید و بگذارید تا مدتی خنک شود.
روش سوم
روش سوم : ضد عفونی به روش شیمیایی :قارچهای پارازیت خاکزی از جمله فیتوفترا ،پی تیوم ،فوما ،فوزاریوم ،آرمیلاریا ،رزلینا و چندین قارچ خاکزی دیگر در شرایط مختلف خاک از نظر درجه حرارت و رطوبت توانایی تولید پوسیدگی ریشه،پوسیدگی بذر،مرگ گیاهچه،پژمردگی و خشکیدگی را دارند.بسیاری از این قارچهای انگل گیاهی با کاربرد یکی از سموم قارچ کش به صورت مخلوط نمودن مستقیم سم با خاک و یا کاربرد آن در آب آبیاری قابل کنترل خواهد بود.در به کارگیری مصرف سموم قارچ کش و باکتری کش و حتی نماتد کش باید به بی خطر بودن آن برای گیاه مورد نظر اطمینان داشت،به تحقیق ثابت شده است که قارچ کش متالاکسیل +Zineb برای کنترل پوسیدگی ناشی از گونه های مختلف قارچ پی تیوم در شمعدانی مؤثر است،همچنین از قارچها Prothiocarb نیز می توان برای کنترل گونه های مختلف پی تیوم استفاده نمود.در میخک برای کنترل پژمردگی ناشی از فوزاریوم قارچ کش های Zineb و یا بنومیل اثر فوق العاده ای دارد.در بگونیا قارچ کش Previcur به مقدار 0/15% و فوزاالاکسیل به مقدار 0/05% و نیز مخلوط مانکوزب + متالاکسیل به مقدار 0/75 % به صورت استفاده در آب آبیاری بهترین نتیجه را در کنترل پوسیدگی ناشی از قارچ Phytophthora cryptogea داشته است.در میخک برای احتراز از پژمردگی آوندی که توسط قارچ فوزاریوم ایجاد می شود قارچ کش پروکلراز به میزان 2 گرم در مترمربع از خاک و در زمان انتقال قلمه های ریشه دار میخک و تکرار آن هر 10 روز یکبار نتیجه بسیار مطلوبی را خواهد داشت.برای کنترل پوسیدگی ریشه بنت قنسول ناشی از قارچ پی تیوم ثابت گردیده که مخلوط نمودن متالاکسیل به میزان 0/3-0/5 درصد با خاک گلدان باعث ریشه کنی این قارچ خواهد شد.موارد بسیار متعدد دیگری از کاربرد سموم قارچ کش در کنترل بیماری های خاکزی به صورت مخلوط با گلدان و یا استفاده در آب آبیاری وجود دارد ولی همان گونه که قبلاً گفته شد دقت لازم در به کارگیری سموم قارچ کش برای کنترل بیماریهای ریشه و بذر مستلزم رعایت نکات مربوط به بی خطر بودن آن برای گیاه را می طلبد.
روش چهارم
روش چهارم : برای علاقمندانی که شرایط استفاده از روش های بالا را ندارند می توانند با افزودن 5 % خاکستر ذغال و 5 % تفاله چای به خاک آن را ضد عفونی کنند ( برای 10 کیلو خاک 500 گرم از هر کدام )