نگهداری طولانی مدت از ژرم پلاسم از طریق انجماد، که در آن مواد گیاهی در دمای نیتروژن مایع (196- درجه) منجمد می شود. در این دمای فوق العاده کم، تمام فعالیت های متابولیکی از سلول ها به حالت تعلیق درمی آیند. بنابراین، در تئوری، سلول های منجمد می توانند برای مدت نامحدود بدون زیرکشت ذخیره شوند. با این حال، مراقبت کافی برای محافظت از سلول ها از آسیب برودتی در طول انجماد، ذخیره و بازیابی مورد نیاز است.
در طول سه دهه گذشته، تحقیقات قابل توجهی برای توسعه پروتکل های موثر برای انجماد سلول گیاهی، بافت و ساختار سازمان یافته (نوک ساقه، جنین و غیره)، انجام شده است و تکنیک ها به طور فزاینده-ای برای حفاظت از ژرم پلاسم استفاده می شود (آشمور 1997؛ گونزالس و همکاران 2008).
تعداد گونه های گیاهی که پروتکل های انجماد برای آنها ایجاد شده است، بیش از 200 است (انگلمن، 2004). جوانه های درون شیشه ای درخت توس که برای مدت 5 سال منجمد شد، همچون غیر منجمد قابلیت زنده-مانی داشت (رینانن، 1999).
برخی مراکز که در آن ژرم پلاسم در نیتروژن مایع نگهداری شده است (پانیس و همکاران، 2001): مرکز بین المللی سیب زمینی، پرو، آزمایشگاه بهبود محصول گرمسیری، بلژیک، آزمایشگاه ملی ذخیره سازی بذر ، آمریکا، ORSTOM، فرانسه و شرکت تحقیقات کشت بافت ، کانادا (5000 نمونه از گونه های سوزنی برگ). در هند، NBPGR (دهلی نو) و TBGRI (تریواندروم) در حال کار بر انجماد ژرم پلاسم هستند.
توجه اصلی در انجماد، محافظت از سلول ها با جلوگیری یا به حداقل رساندن تشکیل بلورهای یخ در خنک کننده می باشد. این امر به دو روش اصلی برای انجماد مواد گیاهی منجر شده است: (1) روش آهسته و یا انجماد گام به گام (همچنین به عنوان روش سنتی شناخته می شود) (شکل 19.1) و (2) روش فوق العاده سریع انجماد ، که نسبتاً جدید و به طور فزاینده ای در حال محبوب شدن است.
در هر دو روش، سلول ها در طول یا قبل از انجماد به اندازه کافی دِهیدراته می شوند، به طوری که پروتوپلاسم متمرکزتر شده و از تشکیل بلورهای یخ جلوگیری می شود. یک مرحله پیش کشت به طور کلی در افزایش تحمل خشکی سلول-ها مفید است.
چهار مرحله اصلی در انجماد مواد گیاهی وجود دارد: (1) پیش کشت، (2) انجماد، (3) ذوب، و (4) بازکِشت است. انتخاب بافت نیز به موفقیت یک پروتکل انجماد کمک می کند.