آبیاری ازمهمترین فاکتورها در نگهداری بونسای است .زمانی که خاک کمی خشک شد به درخت خود آب دهید،این یعنی زمانی که خاک هنوز مرطوب است نباید به درخت آب داد. اما زمانی که کمی خشک شد اینکار را انجام دهید؛ از انگشتان خود برای بررسی حدود نیم میلیمتر خاک سطح استفاده کنید. زمانی که تجربه شما بیشتر شود به صورت چشمی متوجه خشکی خاک و نیاز گیاه به آبیاری خواهید شد.آبیاری از بالای خاک از معمول ترین روش های آبیاری است خصوصا اینکه زهکش گلدان برای دفع آب های اضافی مناسب باشد .ذکر چند نکته در باره مفید به نظر می رسد :
فواره ای ظریف به دهان شلینگ یا شیر آب متصل کنید و فشار آب را طوری تنظیم نمایید که آب نتواند خاک های گلدان را شسته و فرسایش ایجاد کند.علاوه بر شستن خاک بقیه خاک هم فشرده و متراکم می شود .آن حجم از لبه گلدان که برای آبیاری در نظر گرفته شده است را به آرامی پر کنید و پس از نشست آب از دوباره آبیاری کنید.از وضع زهکش و خروج آب های اضافی مطمئن شوید.
اگر پس از آبیاری مرتبه دوم آب اضافی از منفذ زهکش خارج نگردید یا خاک کاملا فشرده و متراکم است و یا اینکه منفذ مسدود شده است باید گلدان را تعویض نمایید و چون ممکن است فصل تعویض شروع نشده هم اکنون با متوسل شدن به روش آبیاری غرقابی گلدان را آب دهید .هیچ وقت یک طرف گلدان را آبیاری نکنید زیرا ریشه های طرف دیگر گلدان خشک باقی مانده و بدیهی است شاخه های همان طرف هم ضعیف خواهند ماند.
سعی نکنید همه گیاهان را مانند همدیگر و به یک اندازه آبیاری نمایید.آبیاری باید در یک مرتبه و فورا انجام و قطع شود .خاک گلدان ها را برای تنظیم دور آبیاری مرتب بازدید کنید .برگ ها و اندام های هوایی گیاه نیز تمایل به آبیاری دارند ،در هنگام آبیاری اندام هوایی را نیز آب فشانی کنید .مواد غذایی محلول در آب که با آب فشان بر روی اندام هوایی پاشیده می شوند ممکن است پس از تبخیر آب به صورت پودر روی بگر ها باقی بمانند ،چند ساعت پس از آب فشانی با محلول غذایی برگ، بَرگ ها را با آب خالص آب فشانی کنید .
قطرات آب باقی مانده روی برگ ها برای عبور نور خورشید مانند عدسی عمل می نماید و در نتیجه برگ ها را می سوزاند و به همین علت آب فشانی در نور خورشید تابستان تقریبا از ساعت 11 تا 6 بعد از ظهر نباید انجام گیرد .
هنگامی که گلدان به خاطر فشرده بودن خاک و یا بسته بودن منفذ آب قبول نمی کند و یا آب اضافی را خارج نمی نماید هیچ راهی به جز غرقاب نمودن گلدان در یک تشت آب باقی نمی ماند.کمی صبر کنید تا آب کلیه سطوح خاک را اشغال کند با خروج حباب های هوا معلوم می گردد که آب در عمق خاک نفوذ می کند.در صورتیکه حباب مشاهده نکرید هر چه زودتر گلدان و خاک را تعویض کنید.