درصورتیکه روش های مناسب جهت حفظ اندازه و شکل درختان بونسای انجام نگیرد ، آنها بزرگتر از معمول خواهند شد. هرس مناسب به رشد و سلامتی گیاهان بواسطه دریافت نور و هوای کامل کمک خواهد کرد.بهتربن زمان هرس شاخسار اوایل بهار و در برخی درختان اواخر پاییز است.توجه داشته باشید که در هر مرتبه علمیات هرس بیش از 30٪ شاخسار نباید حذف شوند و به موازات هرس شاخسار هرس ریشه نیز می‌بایست انجام گیرد تا توازن بین شاخسار و ریشه رعایت گردد.

بعضی از درختان در انتهای رشد خودشون تولید میوه و یا گل میکنند که در چنین حالتی باید عمل هرس به بعد از دوره ی میوه دهی و ریزش گل موکول شود.قبل از انجام عملیات هرس بهتر است که شاخه‌هایی را که قرار است کوتاه شوند علامتگذاری شوند و هر شاخه‌ای که حذف آن صدمه‌ای به طرح و شکل اصلی بونسای وارد نمی‌آورد می‌توان کوتاه کرد.

خاطر داشته باشید در فصل رشد نباید در هرس شاخه های تازه شتاب کرد و باید اجازه بدید که شاخه ها کمی ضخیم شوند سپس اقدام به بریدن آنها کنید. ساقه‌هایی که در حدود 6-5 جفت برگ بر روی آنان وجود دارند سر زنی می شوند تا دو جفت برگ بر روی آنان باقی بماند در طی چند هفته شاهد رشد ساقه‌های جدید از نواحی گره خواهید بود.

برای حفظ شکل و طرح اصلی بونسای حذف جوانه‌ها و سرزنی شاخسار باید انجام شود. به عنوان مثال در گیاهان مخروط‌دار (همانند کاجها)اگر برگهای سوزنی چنین گیاهانی بدون هرس به رشد خود ادامه دهند موجب سنگین شدن و بر هم زدن طرح اصلی بونسای خواهند شد. در کاجها 6-4 جوانه برگهای سوزنی می‌توانند از قسمت انتهایی ساقه شکل گیرند. می‌توان با توجه به سمت و جهتی که رشد برگسار مد نظر است دو عدد از آنان را با توجه به جهت رشد و نموی آنان، باقی گذاشت و مابقی را سرزنی کرد. سرزنی گیاهان مخلوط دار توسط دست انجام گیرد و استفاده از قیچی در این مرحله ممکن است موجب قهوه‌ای شدن برگسار شود.

یکی دیگر از اعمال هرس که در طی سالها نگهداری و مراقبت از گیاهان بونسای مورد استفاده قرار می‌گیرد هرس شاخه های کوچک و البته مزاحم است. معمولا لازم است تا با خلوت نگهداشتن تاج گیاه مانع از تراکم نامناسب شاخسار بونسای گردید تا نور و هوای کافی بتواند وارد مرکز گیاه شود و به شاخه‌های موجود در پایین گیاه نیز برسد.هرس شاخه های متقابل نیز ضروری می باشد.در بونسای اگه شاخه های متقابل هرس نشوند ظاهری نامناسب به خودش میگیرد به همین دلیل به ویژه در قسمت های پایینی بونسای از هر جفت شاخه های متقابل یکی را باید هرس کنیم تا ظاهری بهتر پیدا کند .

در صورتیکه هرس ساختار شاخه لازم باشد بر اساس طرحی که قرار است بونسای تربیت شود تصمیم بگیرید که کدام یک از شاخسار باید باقی بماند و کدام حذف شود. نکاتی وجود دارد که در مورد هرس و پیاده سازی اکثر طرحهای بونسای می‌توان به آنها توجه کرد: اگر دو شاخه با یک اندازه و یک ضخامت وجود دارد فقط یکی از آنها را نگه دارید. شاخه های افقی را که برای خم شدن بیش از اندازه ضخیم هستند، شاخه‌هایی که در هم پیچیده و بدشکل هستند را نگه ندارید. شاخه های ضخیم موجود در بالای درخت را حذف کنید.

در صورتیکه هرس ساختار شاخه لازم باشد بر اساس طرحی که قرار است بونسای تربیت شود تصمیم بگیرید که کدام یک از شاخسار باید باقی بماند و کدام حذف شود. نکاتی وجود دارد که در مورد هرس و پیاده سازی اکثر طرحهای بونسای می‌توان به آنها توجه کرد: اگر دو شاخه با یک اندازه و یک ضخامت وجود دارد فقط یکی از آنها را نگه دارید. شاخه های افقی را که برای خم شدن بیش از اندازه ضخیم هستند، شاخه‌هایی که در هم پیچیده و بدشکل هستند را نگه ندارید. شاخه های ضخیم موجود در بالای درخت را حذف کنید.

هیچ وقت نباید قبل و یا بعد از هرس از کود استفاده کنید .درخت را در مکان سایه نگهداری کرده و به خوبی ابیاری کنید تا تبخیر و تعرق کمتری داشته باشد.