جنین ، گیاه بسیار کوچکی است که در اثر رشد به گیاه بالغ تبدیل می شود.
جنین را همانند محوری می دانند که در یک رأس آن ساقه چه شامل جوانه برگها و مریستم انتهایی ساقه و در انتهای دیگر آن ریشه چه قرار دارد.
حد فاصل ریشه چه و ساقه چه گره ای است که روی آن یک یا دو لپه قرار دارد. بر اساس تعداد لپه و نیز سایر خصوصیات گیاهی است که رده نهاندانگان را به دو تحت رده شامل دو لپه ای ها و تک لپه ای ها تقسیم می کنند. لپه ها در گیاهان دو لپه ای وظیفه ذخیره غذایی دانه را بعهده دارند.
این امر در گیاهان تک لپه به اندوسپرم واگذار شده است.اندوسپرم در گیاهان دولپه ای بصورت یک یا چند لایه سلولی باقی مانده و بسیار محدود است. لپه در گیاهان تک لپه کوچک بوده و در غلات به سپر ( Scutellum ) موسوم است.
محور جنینی گیاهان دولپه را به سه بخش تقسیم می نمایند :
1)محور بالای لپه که حد فاصل گره لپه و رأس مریستم انتهایی ساقه بوده و جوانه برگ ها و مریستم انتهایی ساقه را شامل می شود.
2)محور زیر لپه که از یکسو به لپه ها و از سوی دیگر به ریشه چه ختم می شود.
3)ریشه چه که شامل مریستم انتهایی ریشه بوده و بوجود آورنده ریشه معمولی گیاه است. ساختمان محور جنینی در گیاهان تک لپه کمی با گیاهان دولپه فرق دارد. در گیاهان تک لپه ، ساقه چه بوسیله برگ تغییر شکل یافته ای به نام غلاف ساقه چه (Coleoptile) پوشیده شده است.
گره ای که غلاف ساقه چه به آن متصل است به گره غلاف ساقه چه موسوم است. سپر در گره ای پایین تر و موسوم به گره سپر به محور جنینی متصل می باشد. بخش بالای گره غلاف ساقه چه را که شامل جوانه برگهای اولیه و مریستم انتهایی ساقه است ، محور بالای لپه گویند. حدفاصل گره غلاف ساقه چه تا گره سپر به محور میان لپه موسوم و بخش پایینتر از گره سپر را که شامل ریشه چه است محور زیرلپه نامند.
ریشه چه نیز توسط پوششی به نام غلاف ریشه چه ( Coleorhizae) احاطه گردیده است. نحوه رشد محور جنینی در چگونگی سبز شدن و در نتیجه در انتخاب عمق و روش کاشت، کیفیت بستر و مقاومت گیاهچه در برابر امراض نقش مهمی دارد. در گیاهان تک لپه مثل گندم و جو ، سبز شدن با رشد میانگره غلاف ساقه چه انجام می گیرد. نتیجه این نحوه رشد در زیر خاک ماندن پوسته بذر، اندوسپرم و سپر است. بنابراین نیروئی برای خروج پوسته بذر ، سپر و اندوسپرم از خاک صرف نمی گردد و سبز شدن بسهولت انجام می شود. از طرف دیگر جوانه انتهایی و برگهای اولیه طی خروج از خاک توسط غلاف ساقه چه محافظت می گردند.
نتیجتا جوانه انتهایی و برگهای اولیه از تماس مستقیم با خاک و میکروب های آن مصون هستند. ظرفیت رشد میانگره غلاف ساقه چه در ارقام و نژادهای مختلف یک محصول متفاوت بوده و طول نهایی آن فرق می کند. این نکته در عکس العمل رقم نسبت به عمق کاشت موثر است. نشان داده شده است که ظرفیت رشد میانگره غلاف ساقه چه گندم همبستگی نزدیکی با پتانسیل ارتفاع بوته دارد. در بعضی از گیاهان دولپه مثل نخود ، عدس و باقلا ، خروج جوانه از خاک بعلت رشد محور بالای لپه می باشد.
در نتیجه لپه ها در خاک باقی می مانده و برگهای اولیه همراه با مریستم انتهاییساقه هنگام خروج از خاک در تماس مستقیم با میکروبها قرار می گیرند. اما باقی ماندن لپه در خاک سبب سهولت خروج جوانه ساقه به دلیل پایینی مقاومت خاک در برابر آن می شود. این نحوه سبز شدن که در آن لپه ها در خاک باقی می ماند ( گندم و نخود ) هیپوجیل ( لپه زیر خاک ) گویند. لپه یا اندوسپرم باقی مانده در خاک غذای مناسبی برای میکروبهای خاک بوده و امکان بیماری گیاه را افزایش می دهد. در بعضی دیگر از گیاهان دولپه ( مانند لوبیا ، آفتابگردان و پنبه ) خروج جوانه با رشد محور زیر لپهانجام می گیرد و لپه ها از خاک خارج می شوند.این نحوه جوانه زدن را اپی جیل ( لپه بالای خاک ) گویند.
خروج لپه ها از خاک ، بخصوص در بذر های درشتی مثل لوبیا ،به انرژی زیادی نیاز دارد و سبز شدن را مشکل می سازد اما لپه ها تا حدی از تماس مستقیم برگهای اولیه و جوانه انتهایی ساقه با خاک و میکروبها جلوگیری می نماید و غذایی برای میکروبها در خاک باقی نمی ماند. نحوه جوانه زدن و سبز شدن بذر در تعیین عمق و روش کاشت و کیفیت بستر بذر اهمیت دارد. گاهی بذر بدلیل عواملی در جنین قادر به جوانه زدن نبوده و در خواب می باشد. چنانچه خواب بدلیل وجود هورمون های بازدارنده در جنین باشد می توان از طریق شستن بذر هورمون را حذف کرد، مشروط براینکه پوسته نفوذپذیری و آبگذری کافی داشته باشد.
گذشت زمان نیز ممکن است موجب اکسیداسیون هورمونها شود. بعضی از بذرها با قرار گرفتن در نور قرمز رفع خواب می نمایند. قرار دادن بعضی از بذر ها بحال مرطوب در سرمای چند درجه بالای صفر برای چندین هفته موجب تغییر تعادل هورمونی و یا بلوغ جنین گشته و رفع خواب بذر انجام می شود.