1 . در فرآیندها و واکنش های بیوشیمیایی در مدت جوانه زنی (مثل واکنش های آنزیمی و فعالیت های تنفسی).
2 . سرعت و یکنواختی جوانه زنی بذر و رشد گیاهچه .
3 . سرعت رشد گیاهچه و رشد در مزرعه .
4 . توانایی سبز شدن گیاهچه در شرایط نامساعدمحیطی.
عوامل مؤثر بر بنیه بذر:
ساختار ژنتیکی بذر-شرایط تغذیه ای ومحطی گیاه مادری –شرایط مرحله رسیدگی بذر –اندازه،وزن و وزن مخصوص بذر –خسارت مکانیکی-زوال بذر-عمرزیاد بذر –پاتوژن ها.
نموبذر تحت تأثیر از مجموعه ای از مراحل مهم رشد از لقاح گرته تا تجمع مواد غذایی می باشد، مرحله ای که بذربالاترین ماده خشک را داراست یعنی مرحله رسیدگی فیزیولوژیکی بذر دارای حداکثر توانایی جوانه زنی و حداکثر بذر است.
ساختار ژنتیکی :
معمولأ در طی کارهای اصلاحی به مواردی همچون مقاوم نمودن به بیماری ها و آفات ،افزایش میزان پروتئین ،افزایش اندازه بذر ، سلامت مکانیکی بذر ، بهبود پوسته بذر پرداخته می شود که در بنیه بذر بسیار مؤثرند کارهای اصلاحی نظیر افزایش لیسین (لایسین) در ذرت بنیه بذر را افزایش می دهد پس هرگونه کار تصلاحی برای کیفیت بذر می تواند در بنیه بذر مؤثر باشدحتی در طی کارهای اصلاحی محققان دریافتند که ژن های مختلفی در آندوسپرم وجود دارند که جوانه زنی را در دماهای مختلف ، تحت تأثیر قرار می دهند مثلأ در یافتند که بذوری که دارای ژن I1 در آندوسپرم خود می باشند دارای بنیه بذر بیشتری نسبت به بذوریکه فاقد ژن هستند می باشند .
اثر عوامل محیطی هنگام نمو بذر :
1 . رطوبت و حاصلخیزی خاک: تنش رطوبتی در هنگام نمو بذر باعث ضعیف شدن و چروکیدگی بذر می شود که باعث کاهش بنیه بذر می شود با کمبود حاصل خیزی خاک نیز تشدید می شود مثلا کود نیتروژن باعث افزایش پروتئین بذر و در نتیجه افزایش جوانه زنی و بنیه بذر می شود .
2- بلوغ بذر : عوامل محیطی طی دوران پس از بلوغ بذر تا برداشت :
زوال بذر در اثر عوامل محیطی نظیر رطوبت بالا ، باران های پیاپی در درجه حرارت گرم ، سرمای زیاد و ... باعث کاهش سریع در بنیه بذر می گردد .
آزمایشهای بنیه بذر :
در این آزمایشات می توان بسیاری ازعلائم زوال بذر را تشخیص داد ، آزمون های بنیه بدر یکی از شاخص های بسیار حساس کیفیت بذر نسبت به آزمون های جوانه زنی است ، هر پدیده ای که سرعت جوانه زنی را بیشتر کاهش دهد می تواند به عنوان مبنا در آزمون های بنیه بذر بگیرد شروع کاهش جوانه زنی با اضمحلال غشاء همراه است ، غشاء ها برای بسیاری از اعمال متابولیکی بذر ضروری اند مثل تنفس شبکه آندوپلاسمیک نیز یک اندام غشائی است که بر روی آن ترجمه ی اسید های نوکلئیک انجام می شود و آنزیم های متعددی را تشکیل می دهد بنابراین هر گونه خرابی در اعمال غشاء می تواند ATP یا منبع انرژی را کاهش دهد و به دنبال آن سنتز آنزیم های ضروری برای رشد را به تعویق بیاندازند ، میران ATP و تنفس در اثر انبار داری ، پیری زود رس و یا پیری معمولی کاهش می یابد. پیامد کاهش تنفس می تواند کاهش سرعت جوانه زنی ، افت خاصیت انبار داری و کاهش مقاومت نسبت به بیماری ها را به همراه دارد که نتیجه تمام این ها کاهش بنیه بذر است .
به طور عموم آزمایش های بنیه بذر را به دو دسته فیزیولوژیکی و بیو شیمیایی تقسیم می کنند :
آزمایش های فیزیولوژیکی : برخی از جنبه های جوانه زنی و رشد گیاهچه را اندازه گیری می کنند و آزمایش های بیوشیمیایی واکنش های شیمیایی خاص را اندازه گیری می کنند مثل فعالیت های آنزیمی و تنفسی .
آزمون سرما:
یکی لز قدیمی ترین روشهاست وبیشتربرای بذور ذرت و سویا بکار می رود بذور را در خاک یا محیط ورمی کولیت بمدت معینی در معرض سرما قرار می دهند در بذر ذرت هفت روز در دمای 10 درجه سانتیگراد)
در طی این مدت تنش هایی از نظر آماس ، درجه حرارت و میکرو اورگانیسم ها را بربذر اعمال می کنند بعد از این تیمار سرما بذور را در شرایط مساعد محیطی قرار داده تا جوانه بزنند (در ذرت در دمای 25 درجه قرار داده و بعد از 4 روز جوانه ها را می شمارند).
بزرگترین مشکل این روش می تواند عدم یکنواختی در خاک مزرعه باشد که برای حل آن می توان از محیط ورمی کولیت با اندازه دانه متوسط استفاده کرد و از محلول های غذایی برای تغذیه استفاده نمود.